تبعا للمرسوم رقم 243-99 بتاريخ 31/10/1999 المحدد لكيفيات إنشاء المخابر و تنظيمها، يوجد بجامعة عمار ثليجي بالأغواط (24) مخبر بحث علمي معتمد، ينشط به  أكثر من 495 أستاذ و أستاذ باحث يعملون في عدة مشاريع بحث علمية، جامعية منها ووطنية. حيث يبلغ عدد مشاريع البحث الجامعية أكثر من 60 مشروعا في شتى الميادين التكنولوجية، الاجتماعية و الاقتصادية، يضاف إليها أكثر من 23 مشروع بحث علمي وطني من 34  برنامج بحث المسطرة من قبل المديرية العامة للبحث العلمي بوزارة التعليم العالي و البحث العلمي، و تعنى بالمشاريع ذات الاهتمام الوطني التي تهدف لإنعاش الاقتصاد الوطني بمشاركة القطاعات الاقتصادية ، الصناعية و الاجتماعية.